番外《宝可梦进化》第三集。

本集故事发生在卡洛斯地区，在密阿雷市的广场上，一个巨大的水晶体破土而出，这是牺牲无数宝可梦生命制造出来具有超强破坏力的机器“最终兵器”，现在它被闪焰团使用想要重置整个世界，不过目前最终兵器启动必须需要巨大的能量。

闪焰团首领弗拉达利想要利用卡洛斯一级神的力量，但是主角卡勒姆又怎么会让弗拉达利得逞？这时候主角已经收服了哲尔尼亚斯，想要夺取力量就要进行对战，弗拉达利也不知道哪来的勇气，让自己的暴鲤龙mega进化后就上场对战，不mega好歹不被克制，mega后的暴鲤龙变成了水系恶系，刚好被妖精系的哲尔尼亚斯克制，果不其然，哲尔尼亚斯一发月爆泡漫网就将暴鲤龙秒杀，这就是一级神的含金量！战败的弗拉达利气急败坏地砸碎了自己的眼镜，而此时卡勒姆的同伴莎莉娜和莎娜赶来支援，这个莎莉娜和主系列动画那个没关系。

弗拉达利见大势已去，无奈地跪倒在地，他回忆起和冠军卡露尼还有博士的对话，他无法忍受逐渐肮脏的世界，他希望利用一种极端的手段去毁灭现在的世界，然后再制造一个新世界，至此他还觉得自己的做法没有问题，已经陷入疯狂的弗拉达利将机械臂中储存的能量注入进了最终兵器内，试图做最后一搏，只见兵器外壳打开，核心向着天空发出了强烈的光线，但是能量不够光束最后落了下来，把闪焰团秘密基地给炸了，主角三人组此时已经和其他闪焰团成员逃离，只有弗拉达利和基地一起被摧毁了，想想也是非常讽刺。

最后画面转到了博士研究所，内鬼火天王帕琦拉在播报着弗拉达利留下的影像，他似乎仍然希望有后继者来改变这个世界。

最终兵器和闪焰团团长的阴谋这些在动画中都是被魔改掉的，终于让大家看到了真正的X版本主线剧情。

这个系列奇数世代主角为女，偶数世代主角为男。