众多周知，《海贼王》中世界政府是最大的一个组织了，相传在800年前由20位有野心的国王建立，经过发展已有170个加盟国的巨大组织。世界政府为了维持秩序，保障他们的后代天龙人的特权建立了很多机构，其中海军是最出名的了，但是还有4个世界政府直属的秘密部队，虽然他们名气不大，但是实力不俗。

1.CIPHER POL秘密间谍机关世界政府直属的秘密间谍机关，名字的由来是“国际刑事警察机构”（International Criminal Police Organization, ICPO）；有编号0到9共十个分支。实力从CP1到CP9逐渐递增，而CP0为最强。其中，CP1~CP8为世人所知晓，CP9和CP0不为常人所知。主要任务是情报收集、改装潜伏、敌后侦查。世界政府收留了一些孩子，并且自懂事之后对他们进行超乎“人类极限”的训练，使他们透过训练得到了6种超人般的体技“六式”，拥有可以杀害不愿意协助世界政府的一般市民的权利。

2.海军科学部队海军本部科学部队是以贝加庞克的科学技术组建的部队，拥有贝加庞克的科学成果。而海军本部科学部队最强的战斗力就是和平主义者，这个用七武海熊身体改造出现的武器。海军本部科学部队的队长就是战桃丸，实际掌控的是大将黄猿。在两年前让极恶世代的超新星们吃尽了苦头。

3.特殊科学班SSG特殊科学班是贝加庞克的全新科技，也正是因为这个科技，才让海军有了废除七武海的自信。显然从过去的和平主义者来看，特殊科学班“SSG”绝对不简单。因为现在科技力量已经慢慢成为了海贼王一个重要战斗力，进入新世界以后，不难发现尾田已经开始着重讲述科学力量，包括登场的凯撒和文斯莫克家族的克隆，其中就连大妈都想获得科技力量以此成为海贼王。

4.机密特殊部队SWORD海军机密特殊部队“SWORD ”是《海贼王》和之国篇隐藏的最大伏笔，许多人物未知的身份秘密、行动目的似乎都可以在它身上找到答案。德雷克是从属SWORD 的队长，而克比是他的手下。从克比避开其他海军接听德雷克电话可知，SWORD 是独立于海军的。且由于中将以上的海军无法自由行动，推测SWORD 的主要成员军阶较低。